Nazirliyə Azərbaycan Respublikasının Daxili İşlər naziri rəhbərlik edir. Azərbaycan Respublikasının Daxili İşlər naziri Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən vəzifəyə təyin edilir və vəzifədən azad olunur.

Azərbaycan Respublikasının Daxili İşlər naziri Nazirliyin işini təşkil edir və təkbaşçılıq prinsipi əsasında daxili işlər orqanlarının və daxili qoşunların fəaliyyətinə rəhbərlik edir. Azərbaycan Respublikasının Daxili İşlər Nazirliyində Nazirliyin rəhbər işçilərindən ibarət məşvərətçi orqan - Kollegiya fəaliyyət göstərir.

Kollegiyanın sədri tutduğu vəzifəyə görə Daxili İşlər naziri, üzvləri isə tutduqları vəzifəyə görə nazir müavinləridir. Kollegiyanın digər üzvləri Nazirliyin başqa rəhbər vəzifələri üzrə nazirin təqdimatına əsasən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən təsdiq olunur.